1a) Už jsem to psal Redmarxovi a Zanni, "odstranění" appx tímto způsobem v nainstalovaném systému je naprd, podívej se do: "c:\Program Files\WindowsApps\", to neprovede odstranění appx - zjednodušeně řečeno je to odregistrace appx a zbavíš se tak akorát ikonky. Nejvhodnější způsob je odstranění appx přímo v instalačce.
1b) Je sice hezké, že znáš rozdíl mezi inbox a neinbox appx a jak to jde změnit, jenže pokud "odstraníš" takto appx, tak jednak platí myslím stále 1a) (akorát, že ty soubory se nacházej obvykle v jiné cestě + mají další zálohu souborů) a jednak taková appx má klasický balíček (balíčky)(s mum nebo bez mum) a s těmi jsi nic neprovedl, takže i když je taková appx odregistrovaná, systém na základě údajů o balíčcích v reghive components počítá s tím, že ty balíčky, potažmo appx, se v systému nachází a je nainstalovaná a zaregistrovaná a ten systém se nachází v nevalidním stavu - takže u inbox appx musíš řešit i ty balíčky/balíček. A další věc je ta, že pokud řešíš pouhou neregistraci, tak je to v instalačce pouhé smazání jednoho klíče v registru, naproti tomu v nainstalovaném systému je to celkem pracná věc.
2a) K čemu Registry Tweak Tool? Mazat potřebné klíče v registru nebo v namountovaném reghive (při úpravě instalačky) jde powershell skriptem.