Firma pracuje na vlastní implementaci vrstvy, která umožní běh aplikací napsaných pro Android bez jakýchkoliv úprav. Sailfish tak nepoužívá Android Compatibility Layer, která je přítomná například ve webOS. Konkrétně už v systému dobře fungují některé populární aplikace jako Instagram, WhatsApp, Spotify a další.
Sailfish OS nebude obsahovat obchod s aplikacemi Google Play, Jolla přijde s vlastním řešením. Neoficiálních „App Storů“ existuje celá řada i pro Android, jmenujme třeba F-Droid, který se snaží nabízet pouze svobodné (open source) programy. Velmi populární jsou obchody aplikací třetích stran hlavně v Číně, kde si dodnes v oficiálním Google Play nejde pořizovat placené aplikace.
Pouze podpora běhu aplikací pro Android platformě úspěch nezaručí, vývojáři se hodně snaží, aby Salfish OS bez úprav fungoval na běžném hardwaru pro Android. Tím by se systém stal zajímavým zejména pro asijské výrobce telefonů. Ti by pak mohli vyrobit jeden model telefonu nebo tabletu a zákazník by si vybral, jestli sáhne po Androidu nebo po Sailfish.