pomohlo klasické poléčení pomocí SFC:
https://answers.microsoft.com/en-us/windows/forum/all/start-menu-resets-itself-every-restart/78ee06c0-ca53-405b-96a8-a944065afc0f
Případně zkontrolovat aplikaci Policies, případně problém s TZ a cache:
https://superuser.com/questions/1212927/windows-10-tile-layout-in-start-menu-resets-after-reboot