"Windowx 3.1 jsou operační systém, protože umožňují spustit aplikace, které by bez nich neběžely." Co je tohle za definici operačního systému? Potom by i např. Qt byl operační systém, protože bez toho taky nejdou některé programy.
ad. Win 95 - Win 95 DOS obsahovaly, Win 3.1 nikoliv, bylo nutno jej koupit nainstalovat samostatně. Sice u Win 95 nebyla instalace procházka růžovou zahradou, to se změnilo až s příchodem Win 98 a možností bootovat rovnou z CD, ale vytvořit si bootovací disketu problém nebyl. Sice se interně ve Win 95 i 98 používal DOS, ale jelikož byl nedílnou součástí dodávaného systému je pak trošku mimo o Win 95 mluvit jako o nadstavbě DOSu, když to byla jejich nedílná součást.
Jinak zkus se podívat třeba na Linux, možná ti dojde, jakej je rozdíl mezi např. Gnome a Ubuntu, i když podle tvé definice to jsou oboje operační systémy :)