Odpověď na názor

Razor:
Nezabývám se vývojem počítačů, ani elektroniky.
Proč se napětí nastavuje, to netuším, pravděpodobně pro totéž, proč jiné komponenty, pro nějaké to taktování. Dneska už dívy rychlým sběrnicím asi není důvod zrovna PCIe taktovat, na druhou stranu dneska bude díky těm rychlým sběrnicím asi potřeba výrazně lepší stabilizace toho napětí, než byla v době vzniku ATX standardu, takže si to napětí stejně deska musí vyrobit sama.
S těmi zdroji 5V to není tak žhavé. Na to existují součástky (stabilizátory), které to z těch 12V v pohodě zvládnou. Třeba něco takového: https://www.gme.cz/stabilizator-pevneho-napeti-stmicroelectronics-78s05

má 10 W. Nic drahého, nic velkého.
Přesunutí stabilizátorů ze zdroje na desku má výhodu v tom, že deska ví, kolik na jaké větvi potřebuje, kdežto zdroj musí být univerzální.
Proč mají ty 12V desky měnič na 5 V je asi proto, aby ta deska mohla být jinak komplet stejná, jako její sestřička s ATX konektorem.