Operační systém Windows sám o sobě obsahuje nástroj určený k čištění počítače. Dovede odstranit soubory z koše, vyprázdnit složky s dočasnými soubory a smazat několik dalších položek. Problém tohoto nástroje je však skutečnost, že neprohledává kompletně celý disk, ale všímá si pouze míst, kde se zbytečné soubory nejčastěji nacházejí. Program CCleaner na to jde mnohem důkladněji a samozřejmě prohledává i databázi registru Windows.
Součástí CCleaneru je také pomůcka pro rychlé odebírání instalovaných programů ze systému. V porovnání se standardním nástrojem z Windows startuje několikrát rychleji. Navíc dovede seznam programů k odebrání upravit, smazat neplatné zástupce nebo exportovat všechny položky ze seznamu do textového souboru.
