Zadne nejsou.
Nejsem teda zadny linuxovy guru, spis jsem na Windows, mam jak sedmicky tak desitky, ale ani na Ubuntu jsem zadne podstatne nedostatky oproti tem dvoum Windowsum nepozoroval.
Aktualizace systemu jsou uplne o necem jinym a zaroven se z repozitaru aktualizuje i software v jednom, coz na Windows je potreba pricist dalsi cas na aktualizace softwaru tretich stran. Na linuxu respektive popularnich distrech typu Ubuntu aktualizujes vse v jednom vcetne 95% softwaru tretich stran. V tomhle je linux dost napred.