Dle aktuálních pravidel budou mimo EET postaveny jen platby převodem. Do evidence ale zamíří platby kartou, na dobírku (hotově i kartou) a také platební transakce vedené přes prostředníky, jako je PayPal apod. Je to paradox, protože elektronická evidence tržeb měla vymýtit krácení daní u hotovostních plateb. Platby kartou už logicky evidované jsou u karetních společností i bank.
Petr Soukup tvrdí, že to přinese tolik zbytečné byrokracie, že drobní živnostníci se možná elektronického prodeje úplně vzdají. „Teď to může fungovat tak, že zákazník v neděli zaplatí objednávku a e-shop mu ji v pondělí zabalí, přiloží fakturu a pošle. S EET ale musí probíhat proces jinak – zákazník musí hned po platbě obdržet zálohovou fakturu a účtenku aby bylo co nahlásit do EET. Pokud pak v pondělí dojde k nějaké změně objednávky (výměna za dostupnější položku, upsell, ...), tak se musí provést opravné hlášení atd.“
Ministerstvo financí podle Soukupa také prakticky zamezilo vzniku nástrojů třetích stran, které by za e-shopy napojení na EET vyřešily. Více v článku EET pro eshopy je postavené na hlavu.